Запоры могут вызыватся врожденными анатомическими дефектами кишки, как толстой так и прямой. В большинстве такое состояние проявляется отсутствием с самого рождения дефекации. Конечно могут быть и приобретенные запоры в последствии оперативных вмешательств в районе прямой кишки или в черевной полости, как результат спаечной болезни. Запоры анатомической природы называются органическими. Этими видами запоров занимаются детские хирурги, в некоторых случаях нужно свершать срочную операцию.

В большинстве случаев у детей встречаются функциональные запоры, а не органические. Условия функциональных запоров - не структурные поражения кишечника, а нарушения механизмов регуляции моторной деятельности желудочно-кишечного тракта.